C’est à partir du 4ème siècle que les premiers moines se seraient installés sur la péninsule. Très vite, devant l’ampleur de la colonie monacale, il a été nécessaire de l’organiser. Le premier monastère, celui de la Grande Lavra, est fondé par Athanase l’Athonite en 963. En 972, le premier « typikon » est rédigé, réglementant l’organisation et l’administration de la cité athonite. Il prend le nom de « tragos » puisqu’il est écrit sur une peau de bouc (en grec « tragos »). C’est l’empereur Jean Tsimiski qui signa cette première charte. Dès lors, le Mont Athos est reconnu comme une république monastique indépendante. Depuis 1045, la présence sur la péninsule de tout être vivant de sexe féminin est interdite, la Vierge étant la seule figure féminine autorisée. Le Mont Athos est également appelé « Le Jardin de la Vierge ».

Bien que situé sur le territoire grec, depuis 1913 le Mont Athos est un état indépendant dont Karyès, situé au centre de la péninsule, est la capitale. L’Etat est néanmoins représenté par un gouverneur, ayant rang de préfet, désigné par le Ministère des Affaires Etrangères. L’administration est assurée par la Sainte Assemblée (Synaxe) composée d’un représentant (antiprosopi) de chaque monastère et présidée par un représentant de la Grande Lavra. Elle se trouve à Karyès où chaque monastère (excepté le monastère de Koutloumoussiou qui est proche) a une cellule qui abrite son représentant. La Sainte Commission (Epistatie) détient le pouvoir exécutif. Elle est composée de quatre membres, chacun représentant cinq monastères.
Spirituellement, le Mont Athos dépend de l’autorité ecclésiastique du Patriarche Oecuménique d’Istanbul.

Les monastères sont classés dans un ordre hiérarchique précis et leur nombre est limité à 20 par la charte. Sur les 20 monastères, 17 sont grecs, un russe, un bulgare et un serbe. En plus des monastères cénobitiques, où les moines vivent en totale communauté, il existait également les monastères iddiorythmiques où seuls les repas et la prière sont communs. Ce type de vie monacale a disparu depuis quelques années.
Les moines suivent le calendrier byzantin, en retard de 13 jours, et l’heure byzantine qui se modifie selon la saison (minuit correspond au coucher du soleil).

Le port du Mont Athos est Daphné, d’où se font toutes les entrées vers Karyès situé à 5 kilomètres.

Les peintures murales sont le reflet de deux courants artistiques : celui de l’école macédonienne au 11ème siècle et celui de l’école crétoise au 16ème siècle.

L’histoire du Mont Athos est connue par des témoignages écrits, des reliques. Des trésors ont disparus au cours des siècles lors d’incendies, de pillages. Actuellement, grâce à la collaboration de l’Etat et des moines, des efforts sont entrepris pour la restauration et la sauvegarde du patrimoine.